گوگل در اقدامی که جهشی درژنومیک به حساب می آید از یک هوش مصنوعی قدرتمند رونمایی کرد که پیشبینی میکند چگونه جهشهای هر دی ان ای مجزا بر سازوکار پیچیده تنظیمکننده فعالیت آن تأثیر میگذارند.
به گزارش خبرگزاری مهر به نقل از اینترستینگ انجیرینگ، ابزار مذکور «آلفاژنوم» نام دارد و کل بخش های کدگذاری و غیرکدگذاری ژنوم را دربر می گیرد و چشم اندازی یکپارچه از اثرات متغیرها ارائه میدهد که تاکنون بیسابقه بوده است. این روش چشم اندازی پایه ای برای تجزیه و تحلیل ژنومی دوربرد به وجود میآورد و تأثیر جهشها را با سرعت، مقیاس و عمق بیسابقهای رمزگشایی میکند.
این مدل تا یک میلیون جفت پایه را در یک مرحله پردازش میکند و هزاران ویژگی مولکولی، از جمله بیان ژن، الگوهای پیرایش، جایگاههای اتصال پروتئین و دسترسی به کروماتین در انواع مختلف سلول را پیشبینی میکند.
این نخستین باری است که چنین طیف گستردهای از ویژگیهای تنظیمی را میتوان به طور مشترک با استفاده از یک سیستم هوش مصنوعی مدلسازی کرد. ساختار آلفاژنوم ابتدا از لایههای کانولوشن برای شناسایی الگوهای کوتاه در توالی دی ان ای و سپس از مبدلها برای به اشتراک گذاشتن اطلاعات در کل کد ژنتیکی استفاده میکند. مجموعهای نهایی از لایهها، این الگوهای آموخته شده را به پیشبینیهایی در مورد ویژگیهای مختلف ژنومی تبدیل میکند.
طی مرحله آموزش تمام رایانش برای یک توالی واحد در چند واحد پردازش تانسور (TPU) به هم پیوسته توزیع میشود و امکان پردازش کارآمد در مقیاس بزرگ را فراهم میکنند.
این مدل واحد تنها در چهار ساعت و با استفاده از نیمی از بودجه رایانشی مورد نیاز برای مدل قبلی خود یعنی Enformer، آموزش داده شد. آلفاژنوم که به عنوان جانشین Enformer و مکمل AlphaMissense ساخته شده است، تنها مدلی است که میتواند به طور مشترک تمام روشهای مولکولی ارزیابی شده را پیشبینی کند و در ۲۴مورد از ۲۶ آزمایش معیار، از مدلهای تخصصی پیشی گرفته یا با آنها مطابقت داشته باشد. این مدل براساس مجموعه دادههای عمومی عظیم از جمله ENCODE، GTEx، ۴D Nucleome و FANTOM۵ آموزش داده شد.
هرچند آلفا ژنوم یک پیشرفت مهم به حساب می آید اما برای تعبیر ژنوم های شخصی یا مصارف کلینیکی طراحی یا تایید نشده است. این مدل با چالش های زیادی در مدلسازی تعاملات تنظیمی بسیار دوردست و همچنین در ثبت کامل الگوهای خاص سلول و بافت روبرو است.
کد خبر 6512120 
شیوا سعیدی
-
خوانش امواج مغزی مدرک جدید برای اثبات جرم!
-
تست جدید نوع تومور مغزی را دو ساعته تشخیص می دهد
-
مراسم علم بندان نشانه شروع محرم در خراسان جنوبی؛ سنتی با قدمت یک قرن
-
همایش شیرخوارگان حسینی (ع) در خرمآباد برگزار میشود
-
کامیونهای حامل ۷۲ تن برنج قاچاق در توقیف پلیس هرمزگان
-
گرامیداشت شهدای ۷ تیرماه در شهرهای لرستان برگزار میشود
-
تشکیل پرونده تخلف برای ۲۶۸ واحد صنفی در اردبیل
-
تصادف در جاده پلدختر- اندیمشک یک کشته برجا گذاشت
-
نهاوند در غم و اندوه شهیدان؛ حضور باشکوه مردم در تشییع پیکر شهدا
-
پیام تقدیر از رشادت های نیروهای مسلح ایران و همدلی مردم
-
۶۲۷ شهید و هزاران زخمی؛ بمبهایی که بر دل مردم نشستند
-
مجموعه «جایی برای همه» روی آنتن شبکه دو میرود
-
دهه اول محرم در کرمانشاه هیئت کجا برویم؟
-
کنایه ترامپ به نتانیاهو: پس از نجات اسرائیل، باید بی بی را نجات بدهم
-
ماکرون: آژانس اتمی باید فوراً فعالیت خود را در ایران از سر بگیرد
-
اعتراض ایران به تفسیر ناصواب آمریکا از ماده ۵۱ منشور سازمان ملل
-
توضیحات «ویتکاف» درباره احتمال کاهش تحریمهای ایران
-
یادداشت قضایی/ ۵ محور مهم سخنان رهبری خطاب به مسئولان قضایی
-
از فریب آتشبس تا بیاعتمادی حقوقی به اسرائیل
-
سنای آمریکا درباره ایران جلسه محرمانه برگزار میکند
-
ابوعبیده: کشته شدن نظامیان اسرائیلی تا تجاوز تل آویو ادامه خواهد یافت
-
مذاکرات رژیم الجولانی و رژیم صهیونیستی ادامه دارد
-
روزنامههای اقتصادی پنجشنبه پنجم تیر ۱۴۰۴
-
روزنامههای صبح پنجشنبه پنجم تیر ۱۴۰۴
-
روزنامههای ورزشی چهارشنبه چهارم تیر ۱۴۰۴
-
روزنامههای اقتصادی چهارشنبه چهارم تیر ۱۴۰۴
-
روزنامههای صبح چهارشنبه چهارم تیر ۱۴۰۴